Sus orígenes se remontan 2000 años atrás, ya que era un lugar de paso de los cazadores nómadas y otras culturas, entre las que destacan los Teotihuacanos, Toltecas, Chichimecas, Olmecas esta última con sus aportaciones en la escritura, pintura lineal y corporal. En esta zona se han destacado tres culturas que permanecieron, se desarrollaron y sucumbieron en distintas épocas. Con la derrota y caída de México-Tenochtitlan en 1521, el reino de España ejerció su poder en las ricas regiones recién conquistadas. Hernán Cortés encomendó el poblado de Cuautitlán a Alonso de Ávila y éste a su vez a su hermano Gil González, en este sentido esta región fue de las mas importantes. Durante esta época Cuautitlán fue uno de los primeros lugares donde los frailes Franciscanos enseñaron su doctrina, debido a que en el reinaba un sobrino de Moctezuma "Señor de Tenayuca". En el periodo de la guerra de independencia, a efecto de controlar lo españoles la participación de los "rebeldes", en la contienda, se emitió una proclama al subdelegado de Cuautitlán ofreciendo la gracia del indulto a todo aquel que perteneciera a su jurisdicción y que participara en el movimiento. Ya promulgada (1827) la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de México la Junta Departamental decretó el 23 de Diciembre de 1837 que el departamento de México se dividirá en 13 distritos, de los cuales el cuarto fue el de Cuautitlán. En 1855 cuando se delimitaron nueve distritos y 33 partidos, de los cuales el quinto distrito denominado de Tlalnepantla se constituía por esa localidad, Cuautitlán, Tlalpan y Zumpango. Épocas pesadas dieron esplendor a este lugar, formaron ciudades majestuosas con tradiciones, costumbres y raíces que hoy en cada uno de los trece Pueblos que conforma nuestro municipio podemos observar con una gran riqueza histórica, estos pueblos con raíces Nahuatlacas Chichimecas y Otomíes son: Axotlán, San Juan Atlamica, La Aurora, Santa Bárbara Tlacatecpan, San José Huilango, San Lorenzo RioTenco, San Mateo Ixtacalco, San Martín Tepetlixpan, Santa María Tianguistengo, San Francisco Tepojaco, Santiago Tepalcapa, El Rosario y San Sebastián Xhala.

Hacia principios de la década de los 70's, la Ciudad de México y su zona conurbada se enfrentaba a un rápido crecimiento demográfico, el cual representaba una problemática de considerables repercusiones en todos los aspectos.

En este sentido, Cuautitlán Izcalli surge con el reto de constituirse en una ciudad capaz de absorber la expansión de la población del área metropolitana y que no desarticulara el desarrollo y el progreso tanto de la Capital de la República como del centro del país.

Ante estas circunstancias, la creación del nuevo polo poblacional requería que reuniera características específicas tales como la necesidad de crear un gran centro de población relativamente autónomo, emplazado en una zona geográfica favorable y sin riesgo de que creciera excesivamente; además era necesario buscar un sitio que permitiera el equilibrio entre las características de una ciudad moderna y las ricas tradiciones de las regiones que habrían de rodearla. Considerando lo anterior y después de eliminar diferentes propuestas que no se ajustaban a los requerimientos del proyecto, el grupo de urbanistas encargados de la planeación, optaron por buscar alternativas que se alejaran del concepto de una "Ciudad Satélite" a fin de implementar el de "Ciudad Paralela". Para obtener la información necesaria para cumplir con su objetivo, fueron visitadas y estudiadas diferentes ciudades famosas como: Washington D.C; La Haya, Holanda; Vallingby, Suecia; Ciudad Sputnik, Unión Soviética; Kenzo Tangué, Japón; Brasilia, Brasil; también conocieron los planes para crear un París paralelo a cincuenta kilómetros del actual en Francia.

Con el rico acervo de información recabado, se identificaron los comienzos de un urbanismo que incluyera elementos estéticos por medio de grandes áreas verdes, amplios bulevares que darían acceso a las zonas habitacionales, colonias y barrios periféricos, así como a los diversos corredores y parques industriales.

Una vez concluidos los diferentes estudios técnicos en materia de clima, vientos dominantes, suelos, comunicaciones, agua, transportes, etc; la atención se fijó en el valle de Cuautitlán, el cual constituye un sub-valle dentro de la demarcación comprendida entre la Sierra de Santa Rita y Tepotzotlán al Norte y la serranía de Guadalupe y Monte Alto al Sur, ubicada a 35 km. al norte de la Ciudad de México.

A efecto de dar vida a este ambicioso proyecto urbanístico, fue necesaria la segregación territorial de 3 municipios circundantes, Cuautitlán de Romero Rubio (hoy Cuautitlán, México), Tepotzotlán y Tultitlán

Así, el 31 de julio de 1971, se colocó la primer piedra de la fundación de Cuautitlán Izcalli; cabe señalar que la ceremonia de inauguración culminó con el depósito de la "Cápsula del Tiempo", que representa a la vez un monumento y un símbolo.

Tres meses después, el 23 de octubre de 1971, por medio de un Decreto del Gobierno Estatal, es creado el Organismo Descentralizado del Estado de México (O.D.E.M.) por lo que el municipio fue conocido como Cuautitlán Izcalli ODEM, la designación para dirigir y administrar el proyecto recayó en el C.P. Gustavo Mondragón Hidalgo, Director General del Organismo.

En sus inicios Cuautitlán Izcalli contaba con una infraestructura que consistía en la autopista México-Querétaro, dos carreteras auxiliares y las líneas de ferrocarril México-Ciudad Juárez, así mismo se contaba con suficiente energía eléctrica, un gasoducto y un inmenso territorio de tierra agrícola. De este modo las obras básicas para dar albergue a sus futuros pobladores dieron comienzo, el diseño urbano dotó a la primer etapa de la ciudad de las áreas verdes y zonas de recreo, así mismo se construía el primer tanque de almacenamiento de agua con capacidad para 25 millones de litros que dotaría del líquido vital a la ciudad, los trazos de las primeras calles se revestían de asfalto, se electrificaron las manzanas y se instalaron las monumentales tuberías de drenaje.

De acuerdo al relato del sr. Fernando Hernández Hernández, albañil que construyó la primer casa de muestra en 1972 junto a la conasupo bajo las instrucciones del arquitecto Machún; este inmueble poseía dos plantas, cuatro recamaras, sala comedor y fue echa con tabique rojo ubicándose frente a la escuela primaria Isidro Fabela y su costo era de $ 70,000.00.

En materia de planificación, la ciudad marcó el inicio de la transformación de los terrenos donde se cimentaría Cuautitlán Izcalli, su proceso de crecimiento estaba ya determinado por medio de un sistema de metámeras; este sistema permitió ofrecer desde el inicio de su crecimiento las tres zonas esenciales para su evolución armónica: la zona industrial, la zona de servicios y comercios y la zona de habitación con un subcentro comercial; actualmente estas tres zonas están perfectamente definidas y comprenden secciones con vida propia que se han desarrollado perpendicularmente a lo largo de una verdadera columna vertebral donde se sitúan los servicios públicos principales y de uso más intenso.

La función financiera primordial del entonces Cuautitlán Izcalli ODEM, fue canalizar la inversión privada, tanto de financieras como de particulares, de este modo los trabajos dieron principio con créditos iniciales que se utilizaron en obras de infraestructura directa para la creación de los fraccionamientos y parques industriales, todas éstas obras fueron autofinanciables y con el concurso de la inversión privada fue posible el desarrollo de Cuautitlán Izcalli. Mención aparte merece explicar que hacia enero de 1972, el entonces Gobernador del Estado de México Profr. Carlos Hank González, el Director General de NAFINSA Lic. Guillermo Martínez Domínguez y el Director General de Cuautitlán Izcalli ODEM, firmaron los documentos del crédito inicial otorgado por Nacional Financiera para la ejecución de las obras de infraestructura industrial.

El primero de mayo de 1972, el Presidente de la República, Lic. Luis Echeverría Alvarez, hizo la entrega simbólica de las primeras doscientas veinticinco casas, ese mismo día el Sr. Mondragón Hidalgo, a través de 3 telegramas dirigidos al Presidente de la República, al Gobernador del Estado de México y al Secretario de Comunicaciones y Transportes dejó constancia de la instalación y operación de la primer oficina de telégrafos de Cuautitlán Izcalli.

No fue sino hasta el 21 de agosto de 1972, cuando el Director General de Cuautitlán Izcalli ODEM, entregó las llaves de las primeras 227 casas a maestros normalistas de la entidad.

Oficialmente los primeros pobladores de Cuautitlán Izcalli fueron los integrantes de la familia Ocampo Alcántara, matrimonio formado por Abel Ocampo, mecánico de profesión y por Guadalupe Alcántara Segura de Ocampo, profesora de la Escuela Primaria "Cuauhtemoc" ubicada en el pueblo de Tequesquinahuac, municipio de Tlalnepantla, y sus 7 hijos: Abel, Irasema, José Luis, Lizzethe, Guadalupe, Ruth y Sandra cuyos edades variaban entre los 8 meses y los 18 años.

Anticipándose al arribo de los primeros pobladores a Cuautitlán Izcalli, se inauguró la primer Conasuper, servicio primordial requerido por la población para su abastecimiento, cabe mencionar que el costo total de la construcción de la tienda fue de $850,000.00 pesos.

Desde la etapa de planeación de la ciudad, los espacios educativos cobraron una importancia primordial, ya que durante la primera etapa se construyó un complejo escolar ubicado al frente de la zona de servicios, en este sentido, la supermanzana estaba conformada por el Jardín de Niños, la Escuela Primaria y la Escuela Secundaria.

Durante la celebración del primer año de vida de Cuautitlán Izcalli, los avances en la construcción fueron verdaderamente importantes, tal y como se señala a continuación: "...lo hecho en Cuautitlán Izcalli es impresionante: 21 hectáreas de la Zona Industrial totalmente urbanizadas, la primera y segunda zonas habitacionales con 176 hectáreas urbanizadas igualmente, 10 kilómetros de vialidad, un tanque de almacenamiento de agua potable y dos colectadores mayores. Se electrificaron 4,860 lotes habitacionales y la totalidad de la zona industrial, se construyeron 1,000 casas que ya están habitadas por 4,000 fundadores, quedó debidamente edificado, amueblado y equipado el primer conjunto educacional integrado por un Jardín de Niños, una Primaria y una Secundaria. Se construyó el subcentro comercial y se terminaron los trabajos de restauración del casco de la antigua Hacienda, todas estas obras se hicieron con una inversión de 328 millones de pesos, financiada por diversas instituciones de crédito".

El año de 1973, fue sin duda un año muy importante para nuestro municipio ya que en el mes de febrero se realizó la entrega de 216 lotes ubicados en la colonia Bellavista a un igual número de ejidatarios del poblado de San Juan Atlamica. Posteriormente el día 24 de febrero de ese año, fue abanderada la primer escuela de Cuautitlán Izcalli. Paralelo al acelerado crecimiento de la ciudad, se incrementaron los servicios para sus pobladores, en este sentido, para 1973 el municipio contaba con un cuerpo de bomberos integrado por 2 unidades contra incendios.

Sin embargo, la fecha más importante del año 1973, es sin duda alguna el 23 de junio, fecha en la cual apareció en la Gaceta de Gobierno del Estado de México el decreto número 50 (fechado el 22 de junio) por medio del cual se publicó la creación del municipio 121 del Estado de México: Cuautitlán Izcalli.

El día 24 de junio, entró en vigor este decreto y tomó posesión como primer Presidente Municipal el Lic. Gabriel Ezeta Moll.

En el entonces naciente municipio, se instauró el Registro Civil, siendo registrada en el libro primero, acta 01, con fecha 28 de junio de 1973, la niña Bárbara Bravo Zenteno, hija de los señores Sergio Bravo Rodríguez y la señora Ma. Trinidad Zenteno, el acta fue signada por la primer Oficial del Registro Civil del Municipio la Lic. Silvia Domínguez Domínguez.

Los primeros eventos importantes del municipio, fueron 2, el primero ocurrido el día 17 de julio de 1973, cuando se llevó a cabo la entrega del edificio de la secundaria "Calmecac" de la ciudad, la cual contó desde sus inicios con un gimnasio, un amplio auditorio, una sala audiovisual, un laboratorio y un local para servicios generales además de áreas verdes en su interior para beneficiar y albergar 800 alumnos; el segundo evento relevante realizado en el recién creado municipio tuvo lugar en la conmemoración del 163 Aniversario de la Independencia Nacional en las instalaciones de la Escuela Secundaria de Cuautitlán Izcalli, el programa de festejos en los que tomaron parte los habitantes de la comunidad incluyeron la ceremonia del "Grito de Independencia" a las 23:00 horas para después dar paso a la Coronación de la Reina de las Festividades Patrias a la Srita. María Antonieta López Valadez a quien se le entregó su cetro y su corona, posteriormente la Noche Mexicana resultó lúcida y animada.

Al día siguiente, 16 de septiembre, se llevó a cabo un acto cívico en la explanada de la Escuela Primaria en la que se rindieron honores a la Bandera y se entonó el Himno Nacional.

Las primeras personas que fungieron como autoridades de Cuautitlán Izcalli fueron:
- Presidente Lic. Gabriel Ezeta Moll.
- Síndico Profr. Eduardo Aguirre Sánchez
- 1er. Regidor C. Donasiano Noguez Correa
- 2º. Regidor C: Leopoldo Franco Hernández
- 3er. Regidor Profra. Ma. Guadalupe Alcántara
- Juez Menor Mpal. Profr. Raúl Reyes Gutiérrez.

El Cabildo eligió y designó a Luz Ma. Martínez Legorreta, Administrador Municipal; Petra Socorro Caballero Chávez, Tesorero Municipal; Luis Cuauhtémoc Riojas Guajardo, Jefe de Gobierno y Seguridad Municipal; Mucio Cardoso Beltrán, Director de Acción Popular; Luis Aguirre Soria, Jefe de la Oficina de Vía Pública y a la Lic. Silvia Domínguez Domínguez como Oficial del Registro Civil.

La designación del Lic. Gabriel Ezeta como Presidente Municipal, fue fundamentada en los términos del Artículo 27 de la Ley Orgánica Municipal, misma que fue referida en el Decreto 51 fechado el 22 de junio de 1973, su período concluyó el 31 de diciembre de 1975.

Para el segundo período de gobierno comprendido entre 1976-1978, fueron elegidos como autoridades municipales las siguientes personas:

- Presidente Lic. Luis Cuauhtémoc Riojas Guajardo
- Síndico Lic. Silvia Domínguez Domínguez
- Regidores C. Lindoro Estudillo (Presiente interino por
Ministerio de Ley)
C. Fernando García Cuevas (suplente)

En la Secretaría del Ayuntamiento fungió el Lic. Ariel Martínez González, el Tesorero fue Alfonso Chapa Romo, el Juez Menor, el C. Jesús Muñoz Herrera y la Administración Municipal estuvo a cargo Luz María Martínez Legorreta.

Durante esta Administración se construyó el Palacio Municipal

1973-1975 Lic. Gabriel Ezeta Moll
1976-1978 Lic. Cuauhtémoc Riojas Guajardo
1979-1981 Lic. Roberto Pineda Gómez
1982-1984 Lic. Juan Manuel Tovar Estrada
1984-1987 Lic. Lorenzo Vera Osorno
1988-1990 Lic. Axel García Aguilera(C. Francisco Espinosa HernándezPresidente interino por Ministerio de Ley).
1991-1993 Lic. Mucio Cardoso Beltrán(Lic. Gaspar Caballero CamposPresidente Municipal por Ministerio de Ley).
1994-1996 Lic. Fernando Alberto García Cuevas(Profr. Victor Manuel Contreras RuízPresidente Municipal por Ministerio de Ley).
1997-2000 Lic. Julián Angulo Góngora(Lic. Gilberto Campos CastañedaPresidente Municipal por Ministerio de Ley).
2000-2003 Ing. Fernando Covarrubias Zavala
2000-2006 Lic. Alfredo Durán Reveles
2006-2009 Lic. David Ulises Guzman Palma
2009-2012 Lic. Paulina Alejandra del Moral